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巴氏杀菌机的原理是巴氏消毒法，是一种利用较低的温度既可杀死病菌又能保持物品中营养物质风味不变的消毒法。一般微生物生长的适宜温度为28℃—37℃，温度太高，细菌就会死亡。巴氏杀菌机就是一种是将牛奶等食品加热到60~65℃，保持30分钟杀菌，然后将温度急速冷却到4-5℃进行保存。这种杀菌，多用于牛奶等，既能将病原菌杀死，也可减少营养损失。但这种消毒方法，不能杀死所有细菌和微生物，因此保质时间很短。
巴氏杀菌机加热有两种形式，一是电加热，二蒸汽加热。因为巴氏灭菌法是低温杀菌。这里所说的低温只是相对高温高压杀菌机来言。
