很多小分子化合物具有特殊的活性基团，可以结合某些特定的蛋白或核酸，激发或者抑制生物大分子的活性，从而影响生命的过程。人体内种类繁多的维生素类、辅酶等物质就是这些活性小分子化合物。在药物方面，有很多药都是一些有着特殊活性的小分子化合物，分子量从200 Dalton到数千Dalton。因此，小分子药物筛选、优化和药物机理研究成为了制药和药理学研究的重点。目前关于这方面研究的手段，从不同的目的出发有不同的方法。但如果要测定某些化合物和靶蛋白之间的相互作用动力学和亲和力，办法非SPR技术莫属。

     ProteOn XPR36蛋白相互作用阵列系统是Bio-Rad公司2007年隆重推出的新一代SPR生物传感器。它具有6×6的芯片格式，可以在芯片上同时或分次固定6种蛋白（ligand），然后化合物（analyte）以6种不同的浓度平行地流过所有ligand，36对相互作用的反应曲线同时记录，同时分析。只需一次进样就可以分析一种药物和多种不同靶蛋白之间相互作用的动力学和亲和力常数。这种分析方法不仅大大提高了分析速度，而且由于分析的时候多个浓度、多个不同的ligand和analyte是在相同条件下反应的，得到的结果最准确，重复性也。

     ProteOn XPR36系统分析小分子化合物采用灵敏度的GLH芯片。这种芯片的基质较长，羧基位点较多，因此能结合较多的ligand蛋白，而且蛋白活性保持较好。这样的芯片能够产生较高的反应信号，非常适合分析小分子化合物。