单层多层货架穿梭小车的控制方式采用手动、单机自动及联机自动控制方式。

1.手动控制方式；手动控制方式可以操作穿梭板前进、后退、行走加速、顶升板上升以及顶升板下降。手动控制主要用于安装、调试和故障维修。

2.单机自动控制；单机自动控制是穿梭板车的正常工作方式，操作人员通过遥控器下达单次入库、连续入库、出库等指令，穿梭板车从而可执行单次存取托盘指令。

3.联机自动控制；联机自动控制是系统的正常工作方式，监控软件下达的任务通过母车下达给穿梭板车，从而协调整个系统自动运行，完成作业指令。

单层多层货架穿梭小车控制系统是有轨输送子穿梭车运行成功的关键。有轨输送子穿梭车的控制要求包括位置控制、速度控制、移载机控制和方向控制等。转轨输送子母穿梭车采用PLC作为主控制器，负责处理运动规划、逻辑控制和各种安全保护、与上位机的通讯。运动驱动上选用具有伺服驱动性能的变频器，采用位置、速度、电流的全闭环方式控制。行走方向（X方向）采用光电开关加编码器的双重认址方式，通过计算目标的相对位置方式来实现方向控制和位置控制。操作人员可通过车体后部操作面板上的按钮对转轨输送子母穿梭车进行手动、半自动及自动的操作。