利用气相色谱仪分析有机污染物时，水样采集后必须尽快送到实验室进行测定。通常情况下，水样运输时间不超过24h，在运输过程中应注意：装箱前应将水样容器内外盖盖紧，对盛水样的玻璃磨口瓶应用聚乙烯薄膜覆盖瓶口并用细绳将瓶塞与瓶颈系紧；装箱时用泡沫塑料或波纹纸板隔垫和间隔以防止震动，同一采样点的样品瓶应尽量装在同一箱内。
    运输过程中应避免日光照射，气温异常偏高或偏低时还应采取适当措施。对于测试有机污染样品，应尽量避光，低温冷藏运输。
    而水样的保存方法主要有以下几种：
    1 冷藏与冷冻
    冷藏与冷冻主要作用是抑制微生物活动、减缓物理作用和化学反应速率。常见的保存条件有2~5℃冷藏和-18~-22℃冷冻。
    2 过滤与离心分离
    水样浑浊不仅影响分析结果，还会加速水样的变化。如果测定溶解态组分，水样可用0.45um的微孔滤膜过滤，除去藻类和细菌，提高水样的稳定性。为了减少过滤吸附损失，测定有机项目时一般选用玻璃纤维或聚四氟乙烯过滤器。泥沙型水样可用离心方法分离；含有机物多的水样可用滤纸或砂芯漏斗进行过滤。
    3 加入保存剂
    加入保存剂方式主要有调节水样pH值、加入生物抑制剂、氧化剂或还原剂等方式，主要注意的问题就是加入保存剂不能干扰以后的测定，保存剂应用优级纯试剂配制，同时需要做相应的空白试验，对测定结果进行校正。