杀菌锅设备在运行后，其内部长会产生中出一种含有钙镁离子的碱性水垢。当需要对其进行清除时，可以使用酸性的物质来进行。但由于一些酸性物质会对设备进行腐蚀。所以在对其进行清除时，一般都是使用清洗剂或除垢剂等来进行的，这些试剂对金属材质的腐蚀性较低，而其还具有较好的除垢效果。
当设备在进行长时间的运行之后，其内外部会出现结垢或生锈等，从而会使得杀菌锅设备所拥有的杀菌效果会产生较严重的影响。所以，为了防止水垢或生锈等对产品杀菌造成影响，应隔一段时间左右就需要对设备进行*清洗；当在进行杀菌的时候，其所使用的杀菌用水水质硬或设备经常需要进行长时间的使用时，其间隔的时间需要尽可能短一些。
当设备内部具有较少的油量时，其可以直接使用酸性的洗涤剂来对设备进行清洗。其可以先使用低浓度的烧碱或草酸等材料来对设备进行循环清洗，然后在使用清水在其内部进行循环，去除残留物。
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