当使用杀菌锅设备进行杀菌处理时，其能够通过对高温水进行循环、高温蒸汽和喷淋高温水来对产品进行杀菌操作。因为其设备是通过使用液态水或气态水这两种杀菌介质来进行杀菌，所以当设备在较长时间中进行使用后，会导致设备内外出现生锈、结垢等污染物，从而会对产品的杀菌效果产生一定影响。
水垢是通过钙离子或镁离子来进行生成的碱性物质，其能够使用洗涤剂、缓蚀剂、缓冲剂、腐蚀剂等化学试剂来进行清洗。这些试剂对水垢拥有这较为良好的清除能力，其对于金属材料所拥有的腐蚀性较弱。
杀菌锅对于产品的杀菌效果会因为水垢而产生影响。当杀菌锅所使用的杀菌水水质较硬时，其较为容易会导致设备内部出现水垢，从而会对产品杀菌产生一定的影响，所以其需要对杀菌锅内部定期的进行清洗。
杀菌锅设备的清洗还可以使用化学试剂来进行，并且当其设备无法被化学试剂*清洗的时候，其能够通过使用盐酸进行溶解、碳酸镁或碳酸钙进行清洗。此外，其还需要通过将设备进行拆卸来对一些管道或部件中的死角进行清洗。
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