杀菌锅设备内部会由于杀菌水的水质以及长时间的未清理而导致产生钙镁离子出现堆积，而且其是呈碱性。当使用酸性物质来对其进行清除时，其会因为酸性物质会使得设备出现一定程度的腐蚀性，所以一般都是采用除垢剂或清洗剂来对其进行清洗，使得对设备的腐蚀性较低并且还具有较为良好的除垢效果。
设备会因为长时间的使用高温水来对产品进行杀菌从而会产生生锈或水垢，使得会对产品所具有的杀菌效果造成影响。所以应对设备进行定期清洗，当设备的杀菌水水质较硬时，其清洗的间隔时间就需要尽可能的短一些。
当设备内部具有的油量较少时，其既可以通过使用酸性洗涤剂来就进行清洗；也可以通过使用低浓度的草酸或烧碱来循环清洗，然后在使用清水来去除残留的草酸或烧碱。
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