杀菌锅可能会因为长时间未对设备进行清洗，从而导致设备之中出现由钙离子或镁离子堆积组成的水垢。虽然水垢是呈碱性的，但是当采用酸性物质来对其进行清除时，可能会导致对设备造成一定程度的腐蚀性。所以一般是采用除垢剂或清洗剂等具有较小腐蚀性的试剂来对其进行清洗。
设备之中所具有的水垢等杂质较容易会导致其设备对产品的杀菌效果造成一定的影响。所以应定期的对设备进行清理，当杀菌时所使用的水具有较硬的水质时，其需要尽可能的减短清洗间隔时间。
当杀菌锅之中所具有的油量较少时，其能够采用酸洗洗涤剂以及低浓度的烧碱或草酸等来对设备进行清洗，然后在使用清水来对其设备之中所具有的残留物进行清除。
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