许多位于第三世界国家的地区，由于没有清洁的饮用水，使得民众的健康饱受威胁，而和饮用水有关的常见疾病，则包括伤寒、痢疾、霍乱等。十九世纪初，当时的净水技术并不如今天进步，像是美国也曾有许多人因感染伤寒而死亡，在1900年高峰期时，每十万人中的死亡人数曾高达25人。至1908年，美国开始使用氯来消毒自来水，才得以供应卫生、安全的自来水，而在自来水中以加氯的方式来消毒，也逐渐为各国采用。从此自来水的卫生得以确保，使数以亿计人口的健康得到保障。当时享誉的《生命》杂志有这样的评论：“水的加氯消毒方式，应是本世纪中一项zui重要的公共卫生成就。” 跨入科技一日千里的现在，除了氯之外，已有其他消毒自来水的方法，如二氧化氯、臭氧等，除成本较高外，zui主要的问题还是在完成消毒过程之后，便会溶解消失于水中；而氯则不会，且水中的余氯尚能减少自来水在输送过程中受细菌污染的机会。 自从在自来水中加氯的消毒方式成为卫生安全课题后，科学家便不断进行研究。虽然加氯消毒有许多好处，但科学家也发现不少的问题和不完善的地方。首先水中的余氯会影响水的口感和气味，特殊刺激的气味使得水的品质大打折扣。但若是水中的余氯不足，也不能保证自来水的卫生。况且水的余氯量，常因输水管线的问题而不稳定，因此并不建议生饮一般的自来水。 除了影响水的口感外，科学家更关心长期饮用加氯消毒的水是否会影响健康。1974年，科学家发现使用氯消毒的自来水中含有有害的“消毒副产物”。在消毒过程中，氯与水中残余的有机物产生化学作用，一系列的化合物如三氯甲烷（即氯仿）、溴仿、溴二氯甲烷、氯二溴甲烷等便产生了，而这些物质经证实会对人体造成一定程度的致癌。由于在输水过程中水中仍有余氯的关系，所以这些化学作用不单是在水厂消毒的过程中会发生，当水在输水管线内流动时也会不断进行，尤其是在夏天炎热的气温下水温跟着升高，化学反应也随着温度的上升增加。而多少量的“消毒副产物”是人体可以“忍受”的？这是一个尚在不断探讨的问题，但可以肯定的是，长期饮用含“消毒副产物”的自来水，对人体是有害的。 1993年美国的密尔瓦基城爆发了一次严重的肠道感染，有超过400,000人因饮用自来水而致病。工程人员后来发现是因自来水厂的颗粒过滤系统失灵所造成，虽然水中已添加氯，却无法去除致病的隐鞭孢子虫。近年因隐鞭孢子虫污染自来水的案子在许多*国家也偶有发生，令科学家因而关注到加氯消毒，并不能保证自来水的卫生
