杀菌锅在杀菌过程中上锅是不加热的不运行的，在杀菌时长到设定的温度之后下锅的热水开始回收到上罐再等待下一锅杀菌的时候进行循环使用。
在杀菌过程中，应注意初排气，进而泄汽，使蒸汽流通。亦可每隔15-20分钟放气一次，促进热交换。总之必须满足杀菌条件的规定，按程序进行，杀菌温度的高低，杀菌压力的大小，杀菌时间的长短和操作方法等均由产品杀菌工艺作出具体规定。
通过计算该温度下锅内所需压力，自动控制进出阀门的开关，使锅内压力在整个杀菌过程中与高温杀菌锅温度有一定的关系。高温杀菌锅在加热保温状态时，蒸汽阀和疏水阀自动打开，冷却水阀自动关闭；在冷却状态下，蒸汽阀和疏水阀自动关闭，冷却水进出口阀自动打开。
