果汁生产线一般在85℃～95℃进行15分钟到30分钟的杀菌。对于混浊果汁一般采用高温短时杀菌，因为混浊果汁加热时间过长容易产生煮过味，而且色泽和香味损失也比较大。杀菌后迅速降温再进行后续包装。
果汁生产线在预处理过程中要注意的是，对农药残留较多的果蔬，清洗时可加用稀盐酸或脂肪酸进行处理；对于微生物污染，可用一定浓度的高锰酸钾溶液浸泡，然后清水清洗。在大多数水果破碎之后，榨汁之前都必须进行预热处理，目的是使果肉组织软化提高出汁率；另外不同的预热温度可以促进或者抑制酶的活性，根据酶的性质不同掌握适当的PH值、温度和作用时间，直接影响zui终产品的色泽和风味，所以根据不同的市场需求，必须把握好不同的处理工艺。在果汁澄清中有几种方法可以达到澄清目的，酶法，明胶—单宁法，酶—明胶法，硅藻土法等。值得注意的是，在使用酶法的时候，一般果胶酶的适用PH值为4.5～5.0，温度为50℃，如果是葡萄汁加工，还要进行专门的除酒石。
果汁的调整混合，即调配过程。包括糖度的调整，固酸比的确定，维生素C的添加等。使zui终产品达到一定的规格，是对zui终产品的营养、口味、色泽起决定性的一步。在生产混浊果汁的时候还必须对果汁进行均质，防止固液分离、分层，促进口感更细腻。为防止果汁氧化变质，还需对果汁进行脱气，除去前处理过程中混入的大量氧气、二氧化碳和氮气。果汁浓缩一般都采用降膜式浓缩，而且需要在真空状态下，低温、快速、高效的浓缩，在确保这些条件达到的情况下，使浓缩锅实现节能化，以降低生产成本。在浓缩的过程中，通常需要对果汁进行芳香回收，苹果汁芳香回收率一般在8%～10%，葡萄汁和橙汁在26%～30%。
