发酵过程中一旦发现杂菌污染，就应马上取样进行分析鉴别所污染的杂菌有多少种，是气体中的菌还是水溶液中的细菌，同时进行以下有关研究：
第一：发酵系统的蒸汽灭菌处理是否正常，有否出现灭菌温度不足或时间不够长？
第二：上批发酵放罐排料后，布置时间是否延长，若空置太久，则下一批的灭菌时间必须适当延长，以保证生长繁殖的杂菌的*杀灭；
第三：再进行空气密性测试，要进行24h的检漏测试，以查出渗漏的所在，并进行维修，维修后再检测直至无渗漏为止；
第四：重点检验阀门的隔膜、阀座等是否符合质量要求，检测所有O型密封圈等密封件。
