微波干燥杀菌设备是利用了电磁场的热效应和生物效应的共同作用的结果。微波对细菌的热效应是使蛋白质变化，使细菌失去营养，繁殖和生存的条件而死亡。微波对细菌的生物效应是微波电场改变细胞膜断面的电位分布，影响细胞膜周围电子和离子浓度，从而改变细胞膜的通透性能，细菌因此营养不良，不能正常新陈代谢，细胞结构功能紊乱，生长发育受到抑制而死亡。此外，微波能使细菌正常生长和稳定遗传繁殖的核酸RNA和脱氧核糖核酸DNA，是由若干氢键松弛，断裂和重组，从而诱发遗传基因突变，或染色体畸变甚至断裂。
微波杀菌设备是一种物理杀菌方法，不需要添加任何化学产品就能够杀菌，而且不会对食品产生放射性物质的污染，也不会残留毒性，安全无害。在同样的温度下，所需杀菌时间短，不需要预热，且杀菌效果极为显著。微波能同时对物料表里实施整体杀菌，缩短杀菌周期，并保证杀菌一致性。
微波杀菌设备食品加工技术是应用微波对物质的场致作用来进行物料的加热、干燥、灭菌、烧结、合成、萃取、催陈等的特殊加工、其中干燥的基本目的是为了除去物料中的水分;灭菌的目的是限制微生物和酶引起的腐坏;催熟、调温等是根据加工的对象，利用微波的一些特殊效果(如催熟、调温和解冻)进行加工。
