巴氏灭菌机的工作原理是温度控制仪将设定的PU值转化为各温区水槽的实际控制温度曲线，通过对温度的检测控制各温区的温度变化，主传动电机带动上下两层输瓶链网将瓶装啤酒依次经过三个温区的逐级升温预热、两个温区的杀菌和三个温区的逐级降温冷却过程，达到将啤酒杀菌又冷却至室温以保持风味特性的目的。
为应对在生产中常见的设备结构或运行故障与工艺控制偏差，制定应急预案，以保证对发生的简单事故的及时和有效处理。PU值过低，应检查第四、五温区温度是否过低（蒸汽压力过低或阀门故障等）、喷淋压力是否过低、喷嘴是否堵塞，进行及时的调整处理，并及时上报质控员和班组、车间管理人员；不能及时排除故障的应先停机进行维修，直到正常运行后可以开始生产。出瓶酒温过高，应检查降温区的温度是否正常、喷淋情况是否正常，进行及时的调整处理。
PU值过高，应检查设备运行是否顺畅、停机补水程序运行是否正常或者第四、五温区温度是否过高，进行及时的调整处理，并及时上报质控员和班组、车间管理人员；不能及时排除故障的应先通知前道停止灌装，将所有灌装后的酒杀菌完毕后进行维修，直到正常运行后可以开始生产。从单条包装生产线的一般控制情况来看，存在上述的简单故障和工艺控制偏差，但对几条包装生产线的杀菌机运行过程进行深入分析发现，包装瓶型的不同对过程参数的设置影响很大。
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