隔离检疫温室是技术含量较高的共建项目，总面积500平方米，共分普通隔离、空调隔离和负压隔离等三个不同深度隔离区，主要用于国外引种植物的隔离观察和外来植物检疫研究，广东省和广州市检疫部门已将华南植物园隔离检疫温室列为检疫观察基地。

　　华南植物园隔离检疫温室由遮阳系统、负压系统、杀菌消毒系统和自动控制系统四大系统组成。遮阳系统外遮阳系统和内遮阳系统。为防止昆虫、花粉、孢子等从通风口进出隔离温室，隔离间的进出风口加有严格的控制部件，以保证达到检疫或科研工作的要求。隔离温室通过调节进出风口的风量来控制温室隔离的压力，而进出风量又依靠计算机自动控制来实现的。正负压的压差可按工作要求而设定，通常控制在±5—20Pa之间。无菌系统的设计是隔离检疫温室设计成功的又一特点，在隔离温室进口处设置风淋室、配备消毒脚垫，对进出入人员进行脚下消毒；在缓冲间内应安装紫外线消毒灯或空气消毒净化机。隔离检疫温室内设置有全自动的控温、控湿、控光、灌溉、消毒和监控系统，通过温度、湿度、气压、光照传感器与现代化计算机控制监测系统实现人机界面友好、操作方便的自动控制。该自动控制系统可根据具体工作的要求可对环境的温度、湿度、气压、光照进行自动调控。