部分食品其属性决定了只有在食品生产加工小作坊才能加工而成，才能保持其*的风味，比如甜酒、酸菜、臭豆腐、腐乳等特色食品。某些传统的小作坊食品若采用现代企业工业化生产线加工，其口感、质地都会发生变化，反而失去了传统食品*的风味和意义，所以在科学技术高速发展的今天，“传统工艺”、“纯手工制作”、“土法压榨”等宣传词仍旧是吸引消费者眼球的一大亮点。
　　
　　我国的食品安全法律制度并不完善，目前还有部分无国家标准或行业标准的食品（尤其是半成品）未明确纳入生产许可的范围，让生产者、经营者、消费者无所适从。农村集市或墟场式的集贸市场仍处在一种比较宽松的管理状态，经营无证食品的现象还大量存在，这使得食品小作坊的无证产品有了生存的空间。
　　
　　食品生产、经验者的食品安全意识薄弱，是小作坊食品存在安全隐患的根本原因，提高小作坊食品质量水平首先须从根本上提高食品生产、经验者的食品安全意识。另一方面，消费者食品安全意识的薄弱为小作坊产品提供了存在的空间，是“黑作坊”、“问题产品”滋养的沃土。
　　
　　食品安全关系到广大人民群众的身体健康和生命安全，随着社会的不断变迁，食品小作坊得到了快速发展，品种日益丰富，但其数量多、规模小、分布散、条件差等问题也逐渐凸现出来，成为现阶段食品安全监管工作的重点、难点问题。
　　
　　物料管理方面，食品小作坊购进物料随意性大。食品小作坊普遍没有相对固定的物料供应商，购进原辅料、包装材料前也没有进行质量评估和风险评估的意识，许多是需要即买，这家没有那家买、哪家便宜买哪家。原辅料、包装材料的购进后也没有建立账册，出了问题极难追踪。食品小作坊的原辅料区和中间品普遍随意堆垛，有的无货架依地靠墙堆放，有的新货旧货、固体液体一起放，没有标识牌和货位卡。食品小作坊对物料往往疏忽管理，常出现虫咬鼠害、发霉过期变质的情况。
　　
　　质量管理情况方面，食品小作坊物料及产品未进行检验。食品小作坊普遍没有专业技术人才和检验检测设备，对物料及产品无法进行检验检测，产品质量难以保证。在市场上抽检到食品小作坊产品，许多出现重金属、农残和卫生学等项目超标的情况，部分还发现添加有药物或其他非食用化学物质。