在食品杀菌锅工作过程中，杀菌的主要对象是肉毒芽孢螺旋杆菌，此种菌能产生对人体造成致命伤害的毒素，其属耐热性厌氧菌，在121℃环境中三分将钟将失去生物活性，在100℃环境中6个小时左右失去生物活性。当然，温度越高，该病菌存活时间越短。

经科学检测，在121℃时杀菌较为适宜，此时包装物有很好的耐热性，而且食品口感也较为良好。121℃杀菌时，食品中心F值达到4，食品中就不会检测出肉毒芽孢螺旋杆菌，达到了商业无菌的要求。杀菌锅从控制方式上分有四种:手动控制型：所有阀门和水泵均由手动控制，包括加水、升温、保温、降温等工序。电气半自动控制型：压力由电接点压力表控制，温度由传感器（pt100）和进口温控仪控制（精度为±1℃），降温过程由人工操作。电脑半自动控制型: 采用PLC和文本显示器将采集的压力传感器信号和温度信号进行处理，可以储存杀菌工艺，控制精度高，温控可达±0.3℃。电脑全自动控制型：全部过程都有PLC和触摸屏控制，可以储存杀菌工艺，操作工只需按启动按钮即可，杀菌完毕后自动报警，温控精度可达±0.1℃。从杀菌方式上分有四种：热水循环式杀菌：杀菌时锅内食品全部被热水浸泡，这种方式热分布比较均匀。蒸汽式杀菌：食品装到锅里后不是先加水，而是直接进蒸汽升温，由于在杀菌过程中锅内存在空气会出现冷点，所以这种方式热分布不是非常均匀。

淋水式杀菌：这种方式是采用喷嘴或喷淋管将热水喷到食品上，杀菌过程是通过装设在杀菌锅内两侧或顶部的喷嘴中，喷射出雾状的波浪型热水至食品表面，所以不但温度均匀，而且升温和冷却速度迅速，能、快速、稳定的对锅内产品进行杀菌，特别适合软包装食品的杀菌。水汽混合式杀菌：这种方式杀菌由法国推出，巧妙的把蒸汽式和水淋式相结合，锅内加入少量的水以满足循环喷淋使用，蒸汽直接进入国内，实现短时效率、节能环保并适合特殊产品的杀菌。