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1. 按照定位级别分类。可以分为学生级、实验级、研究级生物显微镜。
2. 按照目镜的个数分类。可以分为单目型、双目型、三目型生物显微镜。
按照目镜个数分类
3. 按目镜和移动台的相对位置分类。可以分为正置生物显微镜和倒置生物显微镜。正置(常规)生物显微镜的物镜在移动台的上方,倒置生物显微镜的物镜在移动台的下方。
按照目镜和移动台相对位置分类
4. 按成像原理分类。可以分为光学生物显微镜和电子生物显微镜。
光学显微镜主要由目镜、物镜、载物台和反光镜(集光镜)组成。目镜和物镜都是凸透镜,焦距不同。物镜的凸透镜焦距小于目镜的凸透镜的焦距。物镜相当于投影仪的镜头,物体通过物镜成倒立、放大的实像。目镜相当于普通的放大镜,该实像又通过目镜成正立、放大的虚像。经显微镜到人眼的物体都成倒立放大的虚像。