从营养价值上来看，石磨面粉所加工的大多都是全麦面粉，而现如今利用机磨加工出的面粉大多是精白面粉，相比而看机磨面粉就有了很大的损失，例如全麦面粉当中的B族维生素、矿物质和膳食纤维都是比较丰富的，特别是1，它主要存在于谷物当中的谷皮和糊粉层中，而机磨面粉由于速度过快，对B1造成的损失较大；由于石磨面粉机加工的温度低、速度慢，所以损失较小，而机磨加工本身就温度高、速度快，对一些维生素和矿物质损害都是较大的。
经过低速研磨，低温加工，不会破坏小麦中的营养物质，因此石磨面粉地保留了小麦中的蛋白质、面筋质、胡萝卜素、碳水化合物、钙、磷、铁、1、B2等各种营养物质，特别是石磨面粉中的胡萝卜素和是其它面粉的18倍。
