微波杀菌设备是利用了电磁场的热效应和生物效应的共同作用的结果。微波对细菌的热效应是使蛋白质变化，使细菌失去营养，繁殖和生存的条件而死亡。微波对细菌的生物效应是微波电场改变细胞膜断面的电位分布，影响细胞膜周围电子和离子浓度，从而改变细胞膜的通透性能，细菌因此营养不良，不能正常新陈代谢，细胞结构功能紊乱，生长发育受到抑制而死亡。此外，微波能使细菌正常生长和稳定遗传繁殖的核酸RNA和脱氧核糖核酸DNA，是由若干氢键松弛，断裂和重组，从而诱发遗传基因突变，或染色体畸变甚至断裂。
 

　　微波杀菌设备杀菌均匀*
 

　　常规热力杀菌是从物料表面开始，然而通过热传导至内部，存在内外温差。为了保持食品风味，缩短处理时间。往往食品内部没有达到足够温度而影响杀菌效果。由于微波肯有穿透作用，对食品进行整体处理时，表面和内部同时受到作用，所以消毒杀菌均匀*。
 

　　便于控制，微波干操杀菌处理，设备能即开即用，没有常规热力杀菌的热惯性，操作灵活方便，微波功率可调，传输速度从零开始连续可调，便于操作。
 

　　设备简单，工艺与常规方法相比，微波设备不需要锅炉、复杂的管道系统，煤场和运输车辆，只要具备水，电基本条件即可。改善劳动条件，节省占地面积设备的工作环境低、噪音小，改善了劳动条件，整套微波设备的操作只需2-3人。
 

　　杀菌：微波杀菌在食品工业中早已得到应用，利用微波均匀加热至70--80℃时，时间保持1~2分钟，可以使一般的肠道菌、酵母菌和霉菌基本杀灭，但杀灭原生孢子须在121--130℃温度下保持3-4分钟。