杀菌锅在杀菌过程中上锅是不加热的不运行的，在杀菌时长到设定的温度之后下锅的热水开始回收到上罐再等待下一锅杀菌的时候进行循环使用。

首先咱们在使用杀菌锅时先把水加到杀菌锅上罐，水在里面加热到需要的温度，将需要杀菌的产品放入杀菌盘推到杀菌锅内，杀菌锅下罐放入产品，然后再把加热好的水放到下罐，到达杀菌温度后开始进行杀菌保温阶段，进行杀菌，杀菌后下罐水再出回上罐，也就是热水回收到热水罐中，下罐通过降温水进行降温后把杀菌后的产品推出来，这样整个产品杀菌过程就完成了。双层杀菌锅最大的优点是再进行下一锅产品杀菌时，杀菌锅罐内加热的水可以再循环利用，这样可以节省更多的加热时间和能源。

在杀菌过程中，应注意初排气，进而泄汽，使蒸汽流通。亦可每隔15-20分钟放气一次，促进热交换。总之必须满足杀菌条件的规定，按程序进行，杀菌温度的高低，杀菌压力的大小，杀菌时间的长短和操作方法等均由产品杀菌工艺作出具体规定。