微波杀菌设备适用于食品领域的各种物料的杀菌。如：调味品、添加剂、鸡粉、蛋白粉、肉制品、鱼制品、海产品、果片类、豆类、蔬菜类、菌菇类、面粉、淀粉、米面制品、豆制品、酱菜、卤制品、饲料、营养保健品等物料。
微波杀菌设备常规热力杀菌是通过热传导、对流或辐射方式将热量从物料表面传至内部，要达到杀菌温度，往往需要较长的时间。而微波杀菌则是通过微波能与物料中细菌等微生物直接反应，热效应与非热效应共同作用，达到快速升温目的，处理时间大大缩短。各种物料的杀菌时间一般在3到5分钟，杀菌温度在70至90度。其特点是时间短，速度快。杀菌均匀*，低温杀菌，可保持物料的营养成分和风味，节能环保，设备操作简单，可控性好，工艺。
微波杀菌可分为包装后杀菌和包装前杀菌。包装容器不能用金属质地的，需用介质材料，一般用塑料软包装或玻璃，工程塑料质地容器为宜。为防止在微波杀菌过程中涨袋，设备可在工作仓内施加压力采用反压杀菌工艺，可防止涨袋损失。
在同样杀菌温度下，所需杀菌时间短，不需要预热。如大肠杆菌杀灭时间约30S。在相同杀菌条件下，菌致死的温度比较低，且杀菌效果为显著。能同时对被杀菌物料表里实施整体杀菌，大地缩短杀菌周期，并保证杀菌一致性。由于物料各部位杀菌的同时性，杀菌时间短，能避免因长时间的加热影响食品品质，特别是对不宜在较高温度或较长加热时间情况下进行杀菌的食品。例如：易挥发香辛成分的姜粉、含水分较多的鲜嫩海蛰等。对于既要保持色泽、香味和口感不变等质量要求又需杀菌的物料，使用微波杀菌可取得佳效果。
现微波加热杀菌技术已扩展到制造工业生产用的工业微波加热设备，以满足诸如食品加工行业的食品烹调与加工，杀菌保鲜需要；还有橡胶硫化、再生胶脱硫；纺织品染色固色；化纤产品定型、干燥脱水；皮草、纸张及化妆品的干燥、杀菌；胶卷等涂层的干燥脱水；烟叶焙烤；中成药材或制品的干燥杀菌；砂型坯模固化干燥、石墨材料、陶瓷的加热等行业需要。