一般在干燥前期，物料中水分含量较高，微波功率对干燥效果的影响高些，可采用连续微波加热，这时大部分微波能被水吸收，水分迅速迁移和蒸发；在等速和减速干燥期间，随着水分的减少，需要的微波能也少，可采用脉冲间隙式微波加热。
　　
　　工业化大生产中，有许多物品是不能在高温条件下进行干燥处理的，真空干燥是基于这样一基本原理：水的饱和蒸气压与温度紧密相关，在真空状态下，水的沸点降低，即在真空下操作也就是在低温下操作，可避免在高温下营养成分维生素等的破坏，同时提高了干燥速度。
　　
　　微波设备此外在真空系统中，单位体积内空气的含量低于大气中的含量，在这相对缺氧的环境下进行食品干燥可以减轻甚至避免食品中脂肪的氧化机会，色素褐变或其它氧化变质等，所以采用真空干燥获得较好的食品质量。
　　
　　传统的加热方法如蒸汽、热风、电等加热是利用热传导、对流、辐射的原理将热量从外部传物料内部，由表及里需要一定的时间，物料的热传导性能越差所需的时间就越长，因此加热速度慢且受热不均匀，能耗较高。
　　
　　微波干燥原理是：微波发生器将微波辐射到干燥物料上，当微波射入物料内部时，透使水等性分子随微波的频率作同步旋转，例如干燥蔬菜类制品采用915MHz的微波，则蔬菜内的性水分子等每秒转动9.15亿次，水等性分子作如此高速旋转的结果使物料瞬时产生摩擦热，导致物料表面和内部同时升温，使大量的水分子从物料逸出，达到物料干燥的效果当它们被堆积在一起时不应看成是许多小颗粒，而是一个整体，需要特别注意料层的内外温差。一般当物料以较大的形式出现时，需在物料接近减速干燥期时，降低微波功率，从而有效减少其内外温差，缺点是延长了干燥时间。
　　
　　微波设备微波有对物质选择性加热的特性。水是分子性非常强的物质，较易受到微波作用而发热，因此含水量愈高的物质，愈容易吸收微波，发热也愈快；当水分含量降低，其吸收微波的能力也相应降低。