离子阱质谱仪是利用离子阱作为分析器的质谱仪称为离子阱质谱仪。目前使用多的是由高频率电场进行离子封闭的保罗阱(Paul trap)。

　　由一个双曲面截面的环形电极和上下一对端电极构成。封闭在真空池内的离子，通过高频电压扫描，将离子按m/z从池中引出进行检测。

　　离子阱质谱仪是一种低分辨时间串联质谱仪。可以进行msn的测定(通常n=2-6)。而且价格比其它类型的串联质谱仪便宜。目前在有机物定性方面得到了很广泛的应用。

　　离子阱质谱(ITMS)是利用高电场使质谱进样端的毛细管柱流出的液滴带电，在氮气气流的作用下，液滴溶剂蒸发，表面积缩小，表面电荷密度不断增加，直至产生的库仑力与液滴表面张力达到雷利极限，液滴爆裂为带电的子液滴，这一过程不断重复使终的液滴非常细小呈喷雾状，这时液滴表面的电场非常强大，使分析物离子化并以带单电荷或多电荷的离子形式进入质量分析器。

　　离子阱质谱从液相中产生离子，一般说来，肽段的混合物经过液相色谱分离后，经过偶联的与在线连接的离子阱质谱分析，给出肽片段的精确的氨基酸序列,但是分析时间一般较长。