在原水中，有机物种类繁多，组成也很复杂。反渗透膜的有机污染是指溶解在水体中的有机物的污染。芳族聚酰胺反渗透复合膜是含有苯环的有机物，通常是负的。溶解在水体中的有机物被吸附在反渗透膜的表面而形成有机薄膜层。即使在低浓度下，带正电的有机物也会吸附在膜表面，并导致水通量急剧下降。

表面活性剂中的非离子和两性物质也对膜性能有非常严重的影响。普通化学清洁剂很难恢复膜性能。通常使用的家用洗涤剂包含表面活性剂，因此在填充膜元件时禁止将其用作润滑剂。油脂，某些天然有机物等也会对膜元件造成严重污染，需要在反渗透系统的预处理过程中尽可能地将其去除。

有机污染物的控制方法：不同类型的有机物可以通过不同的方法去除。常规方法是：

1.可以通过脱气的方法除去低分子量的挥发性有机物；

2.对于极性大分子，可使用高分子阳离子絮凝剂去除；

3.对于非极性中等和低分子量有机物，可以使用活性炭吸附和去除；

4.使用低污染的反渗透膜元件。