水箱自洁消毒器依照工作原理的不同，目前分为两种微电解型水箱自洁器和臭氧型水箱自洁器。

    微电解型水箱消毒器是采用微电解原理，通过电化学反应，是水中溶解的氯离子、水分子产生以下氧化性物质：次氯酸、二氧化氯、活性氧、分子氯等。上述氧化物通过扩散和循环对水箱、水池里的所有水及水箱内壁进行，破换水中间的细菌藻类细胞，达到杀菌、灭藻的效果。