杀菌的主要对象是肉毒芽孢螺旋杆菌，此种菌能产生对人体造成致命伤害的毒素，其属耐热性厌氧菌，在121℃环境中三分将钟将失去生物活性，在100℃环境中6个小时左右失去生物活性。当然，温度越高，该病菌存活时间越短。经科学检测，在121℃时杀菌较为适宜，此时包装物有很好的耐热性，而且食品口感也较为良好。121℃杀菌时，食品中心F值达到4，食品中就不会检测出肉毒芽孢螺旋杆菌，达到了商业无菌的要求。
菌锅的作用是为罐藏食品的高温杀菌提供环境，能在的温度、时间和压力下对食品进行高温杀菌，其必须有很好的热分布性，即在杀菌时，容器内的任意一点温度与平均温度相差值应符合要求。如果某点的温度低于平均温度，那么该点就不能达到预定的杀菌F值，这个点附近的食品就无法达到杀菌要求。热分布均匀是衡量杀菌锅质量的重要技术指标，可以通过热分布测定仪对其进行测定评估。
食品在高温环境下，时间越长口感越差，营养流失越多，这就要求杀菌锅内各点在升温时温度必须迅速达到一致，保持各点F值高度一致，这样才能迅速结束杀菌过程。降温也要迅速，以便使食品在尽量短的时间内脱离高温环境，这就要求杀菌锅的水流设计要科学合理，限度减少杀菌时间。