（1）大型发酵罐的清洗以冷清洗为宜。因为热情清洗对设备本身不利。容器设计时没有考虑忽冷忽热时引起的温差应力，从而缩短容器的使用寿命。建议清洗温度不超过40℃。
（2）清洗液回流泵的流量应当比清洗泵高约25%，这样可避免大量液体在锥形罐停留。否则，罐就会被“淹没”。如果洗罐的同时清洗管路，就要把清洗管路的清洗液用量也考虑进去。
（3）含氯的清洗剂和灭菌剂都能对不锈钢产生侵蚀，使用不锈钢材质的发酵罐时，要特别注意。常用的奥氏体不锈钢如304，对氯离子浓度的安全使用界限为≤25μL/L，所以选择清洗剂或杀菌剂，一定要考虑氯离子的浓度。
（4）目前，绝大多数的CIP系统没有连接发酵罐的取样阀（管），无法对取样管路进行有效的清洗，这样对样品的真实性有很大影响，尤其对微生物的检验和控制影响更大。因此，必须打开取样阀，使清洗液也能流过取样阀，使之得到清洗。
（5）安装固定式洗球时，必须能够使之刷洗到洗球上部的区域，在洗球的低部位应当留一个小孔，使洗涤器内不留残液。采用旋转喷射型洗涤器时应能自动监视自转情况。
（6）经常检查清洗剂、灭菌剂的温度和浓度等参数是非常重要的。如果在高温下清洗大的发酵罐，必须考虑当大罐罐身还很冷时，则会抵消清洗液的热量，使洗涤无法保持预定的温度。因此，在循环清洗时，应在回路进行温度测量，以确定所清洗部位是否都达到了同样的温度。由于清洗过程中酸和碱会被稀释，需定期检测和调节其浓度。
（7）由于大罐的清洗和灭菌耗费很大，有必要将这笔费用降到低限度。因此，大罐清洗时能够简化清洗程序，如选用具有清洗和灭菌双重作用的洗涤灭菌剂，使清洗和灭菌两个过程一次完成。也可以使用免冲洗灭菌剂，节省制备无菌水的费用和后一次冲洗的时间。
（8）对于清洗过的发酵罐，要进行*的微生物检查，以防止感染杂菌。当发现微生物超标时，必须通过广泛深入的清洗和灭菌来确保发酵的安全性。