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微波杀菌是微波热效应和非热效应共同作用的结果。微波的热效应主要起快速升温杀菌作用：而非热效应则使用微生物体内蛋白质和生理活性物质发生变异，而丧失活力或死亡。因此，微波杀菌温度低于常规方法，一般比较，常规方法杀菌温度要在100-120度以上，时间要在十几分钟至几十分钟，而微波杀菌温度仅在70至90度，时间约为几分钟（例如：豆制品细菌总数6-7万左右，经过微波杀菌以后细菌总数只有6千以下，大肠菌群小于30，时间十五分钟左右达到食品杀菌的要求）。
微波干燥杀菌设备也可以适用于大豆干燥脱腥。微波能技术在食品、化工、制药等不同加工中的应用，干燥、杀菌，更可用于烘焙、膨化、熟化、盒饭回温解冻、醇化、催熟等.......有力地推动促进了各行业的发展，提高产品的品质，更对开发新产品提供了有力的新技术手段。
