微波杀菌原理：主要靠生物效应和热效应。微波对细胞的生物效应是微波电场改变细胞膜断面的电位分布，影响细胞膜周围电子和离子浓度，从而改变细胞膜的通透性能，造成细胞营养不良，不能正常新陈代谢，细胞结构功能紊乱，生长发育受到抑制而死亡。微波的热效应是菌体由于吸收微波能升温。使物料的水分子升温挥发，从而使细菌体内蛋白质同时受到无极性热运动和每秒钟24.5亿次震荡的作用，使其空间结构变化或破坏，而使蛋白质变性。蛋白质变性后就失去生物活性。