iScan芯片扫描系统

该系统的核心是iScan 阅读器，它包含了高性能的激光器，光学仪器及其检测系统。iScan 阅读器能够提供亚微米分辨率和非匹配的数据输出率。甚至是密度的芯片亦可在几分钟内进行扫描，每天可以处理多达96个多样品芯片。

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这些成像特性尤其有利于进行高密度基因型分型，CNV分析，DNA甲基化和基因表达分析。

·该扫描系统支持各种多样品芯片格式的infinium、GoldenGate,DASL,基因表达（直系杂交）和甲基化分析

该扫描系统包括一个能控制所有扫描器的计算机工作站。这个自动化系统提供激光控制，精密力学控制（包括焦点马达），激发信号检测，图像注册，图像收集及数据输出。数据分析由GenomeStudio软件提供支持。该软件是一种易使用的可视化工具，具有的数据控制能力和广泛的数据输出能力。

·该扫描阅读器是建立在LIMS（实验室信息管理系统）上，并可自动选择分析追踪流线样品以及对大规模项目进行工作流程管理。

·AutoLoader 2.x可被加入到单或双扫描系统从而能每天高通量输出成千上万的样品数据。

流程和规格

iScan提供了流线型成像检测流程，需要极少的用户交互服务进行自动扫描装置和数据处理。通过可选择性的自动 Autoloader 2.x 和 实验室信息管理系统可进一步提高数据输出效率以及避免高代价的处理错误。

检测/协议

BeadArray: Infinium HD, Infinium Methylation, DASL, Direct Hyb

技术参数

iScan 技术参数

视野

1 mm 宽

像素分辨率

0.54 微米

激光激发

532 nm and 658 nm 双激光激发

发射光谱

550-600 nm and 677-697 nm

图像登记

自动

数据读取

自动

图像输出格式

TIFF, PNG, JPG格式(压缩或未压缩)

数据输出格式

IDAT (Illumina公司专有格式)

检测器模拟到数字转换

16位

检测极限

5 fluor/µm2 (Cy3 or Cy5)

输入电压

100-240V AC 50/60 Hz, single phase

输出功率

3A (110V); 1.5A (220V)

尺寸

52 cm (宽) × 45 cm (高) × 66 cm (深)

重量

65 kg

用户代表评论

Sarah Murray, Ph. D.

Director of Genomic Medicine, The Scripps Research Institute

Sarah Murray博士与The Scripps Research Institute (TSRI)中开展全基因组关联研究的研究人员合作，来鉴定心血管疾病的遗传定子。

访问Sarah Murray

博士

Infinium HD BeadChip

芯片和iScan

系统在您的实验室中表现如何?

Human610-Quad BeadChip芯片为我们带来了非常棒的数据质量，就检出率而言近乎完整。我们对iScan系统极为满意。BeadArray Reader和iScan系统之间基因型检出的一致性为99%。这种度量证明了新系统在检出基因型方面如何优异。Human610-Quad BeadChip芯片还可以用在拷贝数变异分析上。在这方面，我们想了解Log R比值偏差。Log R是强度的衡量，人们用它来查看拷贝数变异。我们所看到的是两种扫描仪都得到了质量很好的Log R比值差异衡量，实际上iScan系统要更好一点，因此我们非常满意。

您认为iScan

系统为研究人员提供了哪些优势?

我想说iScan系统的是显著降低了扫描时间。整一块板上四块Human610-Quad BeadChip芯片在iScan Reader中运行，每个样品大约耗时7分钟，相比之下BeadArray Reader中每个样品需要大约45分钟。我想对大多数实验室而言，扫描时间可能是的瓶颈。降低的扫描时间以及单个Infinium HD Beadchip芯片上4个样品的组合让研究人员真正提高了能力和通量。